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Boc-β-(3-pyridyl)-Ala-OH (Boc-3-(3-pyridyl)-L-alanine) est un acide aminé non naturel protégé par Boc comportant un groupe 3-pyridyle en position β du squelette alanine. La molécule se compose d'un noyau L-alanine avec un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyl (Boc) sur le groupe α-amino, d'un acide carboxylique libre à l'extrémité C et d'un substituant 3-pyridyle remplaçant le groupe méthyle de l'alanine naturelle.

Boc-D-Phe-Pro-Arg-Pro-OH.HCl est un tétrapeptide protégé constitué de quatre résidus d'acides aminés dans la séquence D-Phe-Pro-Arg-Pro, avec un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyle (Boc) à l'extrémité N-terminale et à l'extrémité C sous forme d'acide carboxylique libre, stabilisé sous forme de sel chlorhydrate.

H-D-Lys(Boc)-OtBu.HCl est un dérivé de D-lysine protégé orthogonalement comportant un groupe α-amino libre stabilisé sous forme de chlorhydrate, un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyle (Boc) sur la chaîne latérale ε-amino et un ester tert-butylique (OtBu) à l'extrémité C-terminale.

Boc-Lys(Boc)-ONp (Nα,ε-di-Boc-L-lysine 4-nitrophényl ester) est un dérivé de lysine doublement protégé comportant des groupes protecteurs Boc sur les groupes α-amino et ε-amino, avec un ester de 4-nitrophényl (ONp) activant l'extrémité C. 

H-N-Me-Trp(Boc)-OAll Oxalate (tert-butyl (S)-3-(3-(allyloxy)-2-(methylamino)-3-oxopropyl)-1H-indole-1-carboxylate oxalate) est un dérivé de tryptophane N-méthylé spécialisé présentant une protection orthogonale de ses trois groupes fonctionnels. La molécule incorpore un groupe Nα-méthyle (H-N-Me), un azote indole protégé par Boc et un groupe protecteur allylique ester (OAll) à l'extrémité C-terminale.

Boc-Val-OH (N-(tert-Butoxycarbonyl)-L-valine) est un dérivé protégé par Boc de l'acide aminé essentiel à chaîne ramifiée L-valine. La molécule est constituée d'un noyau valine avec son groupe α-amino protégé par un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc), tandis que l'acide carboxylique reste libre pour les réactions de couplage. Cette stratégie de protection rend le groupe amino inerte dans des conditions basiques et nucléophiles tout en permettant une déprotection sélective dans des conditions acides (typiquement TFA).