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Fmoc-Trp-OH (Nα-Fmoc-L-tryptophane, CAS 35737-15-6) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide aminé aromatique naturel L-tryptophane. La structure moléculaire du Fmoc-Trp-OH est constituée d'un squelette tryptophane avec un groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthoxycarbonyle) attaché au groupe α-amino. Le tryptophane est unique parmi les acides aminés protéinogènes pour sa chaîne latérale indole, un système aromatique bicyclique contenant un cycle pyrrole fusionné à un cycle benzène.

Fmoc-Gln-OH (Nα-Fmoc-L-glutamine, CAS 71989-20-3) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide aminé naturel L-glutamine. La structure moléculaire du Fmoc-Gln-OH est constituée d'un squelette glutamine portant un groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthoxycarbonyle) attaché au groupe α-amino. Le groupe Fmoc est un fragment protecteur base-labile qui est sélectivement éliminé dans des conditions basiques douces (généralement la pipéridine dans le DMF), permettant des stratégies de déprotection orthogonales dans la synthèse peptidique en phase solide (SPPS).

Fmoc-Asn-OH (CAS 71989-16-7), également connu sous le nom de Nα-Fmoc-L-asparagine, est un élément constitutif fondamental des acides aminés protégés par Nα-Fmoc pour l'introduction de résidus d'asparagine dans la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) à base de Fmoc. La molécule est constituée de l'acide aminé L-asparagine dont la position Nα est protégée par le groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) base-labile, tandis que la chaîne latérale carboxamide reste non protégée.

Fmoc-Arg(Pmc)-OH (CAS 119831-72-0) est un dérivé d'arginine protégé par Nα-Fmoc de première qualité comportant le groupe protecteur Pmc (2,2,5,7,8-pentaméthylchroman-6-sulfonyl) sur la chaîne latérale du guanidinium. La molécule combine le groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) base-labile pour une protection Nα temporaire lors de l'assemblage de la chaîne peptidique avec le groupe Pmc acid-labile qui protège la fonctionnalité guanidinium hautement réactive de l'arginine.

Fmoc-N-Me-Arg(Pbf)-OH (CAS 913733-27-4) est un dérivé d'arginine Nα-méthylé protégé par Nα-Fmoc spécialisé comportant le groupe protecteur Pbf (2,2,4,6,7-pentaméthyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl) acide-labile sur la chaîne latérale du guanidinium. La molécule incorpore trois éléments structurels clés : le groupe base-labile 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) pour une protection Nα temporaire pendant l'assemblage de la chaîne peptidique, la Nα-méthylation qui introduit une contrainte conformationnelle et améliore la stabilité métabolique dans les thérapies peptidiques, et le groupe guanidinium protégé par Pbf sur la chaîne latérale de l'arginine qui empêche les réactions secondaires indésirables pendant le couplage.

Fmoc-Tyr(Me)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-O-méthyl-L-tyrosine, également connu sous le nom de Fmoc-4-méthoxy-L-phénylalanine) est un dérivé de tyrosine protégé par Fmoc comportant un groupe protecteur d'éther méthylique sur la chaîne latérale hydroxyle phénolique. Le phénol de la chaîne latérale de la tyrosine est méthylé pour former un résidu stable de 4-méthoxyphénylalanine – un acide aminé non canonique qui sert de substitut de la tyrosine dans la recherche sur les peptides.