Phosphoramidite Bz-rC

Le phosphoramidite Bz-rC est un monomère fondamental pour la synthèse chimique des oligonucléotides d'ARN. Le groupe protecteur N4‑benzoyle sur la base cytosine empêche la ramification et la terminaison de la chaîne pendant le cycle de couplage du phosphoramidite, tandis que le groupe 2′-O‑TBDMS protège le 2′-hydroxyle tout au long de l'assemblage de la chaîne et est éliminé après synthèse à l'aide de réactifs à base de fluorure tels que le trihydrofluorure de triéthylamine (TEA·3HF). Bz-rC Phosphoramidite est compatible avec les protocoles standard de synthèse d'ARN sur des synthétiseurs automatisés d'ADN/ARN (par exemple, Applied Biosystems, MerMade, Dr Oligo), utilisant généralement des solutions d'activateur 0,25 M (5‑éthylthio‑1H‑tétrazole, 4,5‑dicyanoimidazole) et des temps de couplage de 5 à 10 minutes. Le phosphoramidite Bz-rC a été largement validé dans la synthèse d’ARN pour des études structurelles, des oligonucléotides antisens, des siARN et des aptamères. Le phosphoramidite Bz-rC est également utilisé comme étalon de référence dans le profilage des impuretés oligonucléotidiques, car le groupe benzoyle peut donner naissance à des sous-produits caractéristiques (par exemple, produits de N4-benzoyl-dépyrimidination) qui doivent être surveillés pendant le développement du procédé.

Paramètres du produit

Assurance qualité chez Cosperpharm

Chaque lot subit :

● Chromatographie en phase gazeuse (GC) – pureté ≥97,0 %

● Titrage non aqueux – pureté ≥97,0 %

● Indice de réfraction – analyse de confirmation

● RMN ¹H – vérification structurelle

● Apparence – liquide clair incolore à jaune clair à orange clair

Un COA complet, une fiche signalétique (avec des informations complètes sur le SGH) et un certificat d'origine accompagnent chaque expédition.

FAQ

Q1 : Quelle est la différence entre la phosphoramidite Bz-rC et la phosphoramidite Ac‑rC ?

R : Le phosphoramidite Bz-rC utilise un groupe protecteur benzoyle (Bz) sur l'amine exocyclique N4 de la cytosine, tandis que l'Ac-rC utilise un groupe acétyle (Ac). Le groupe benzoyle offre une plus grande protection contre la dépyrimidination dans les conditions acides d'élimination du DMT (acide trichloroacétique à 3 % dans le dichlorométhane). Pour la plupart des applications de synthèse d’ARN, le groupe benzoyle est préféré pour les séquences longues ou riches en désoxycytidine.

Q2 : Quel est le temps de couplage recommandé pour le phosphoramidite Bz-rC sur un synthétiseur standard ?

R : Dans des conditions standard de synthèse d'ARN avec un activateur 0,25 M (par exemple, 5‑éthylthio‑1H‑tétrazole ou 4,5‑dicyanoimidazole), un temps de couplage de 5 à 10 minutes est typique pour le phosphoramidite Bz-rC. Pour les oligonucléotides plus longs (> 40 mères) ou la synthèse à haut débit, l’optimisation de la concentration en activateur et du temps de couplage peut améliorer les rendements.

Scénarios d'application du produit

1.Synthèse d’oligonucléotides d’ARN

La phosphoramidite Bz-rC est l'élément de base standard pour l'introduction de résidus cytidine dans les oligonucléotides d'ARN synthétiques pour la recherche, le diagnostic et le développement thérapeutique.

2. Fabrication d'ARNsi

Utilisé pour incorporer la 2′-OH cytidine dans les duplex d’ARNsi. Le groupe TBDMS est supprimé après synthèse, produisant un ARN entièrement natif pour les études sur l'ARNi.

3. Synthèse d’oligonucléotides antisens (ASO)

Les ASO ciblant les transcrits d’ARN nécessitent des segments d’ARN (par exemple, dans les conceptions gapmer). La phosphoramidite Bz-rC fournit les résidus cytidine nécessaires avec une résistance totale aux nucléases lorsqu'elle est laissée sous forme de 2′-OH ou modifiée.

4. Génération d’aptamères d’ARN

Les bibliothèques d'aptamères et les candidats aptamères individuels sont synthétisés chimiquement à l'aide de phosphoramidite Bz-rC pour garantir la fidélité et l'évolutivité de la séquence.

5. Préparation de l’ARN en biologie structurale

Pour les études de cristallographie aux rayons X et de RMN, des séquences d'ARN bien définies doivent être synthétisées avec une grande pureté. La phosphoramidite Bz-rC offre l’efficacité de couplage et la propreté de déprotection requises.

6. Norme de référence sur le profilage des impuretés

En tant qu'impureté potentielle dans les substances médicamenteuses oligonucléotidiques (par exemple, N4-benzoyl-cytidine résiduelle, produits de déprotection incomplets), la phosphoramidite Bz-rC ou ses dérivés déprotégés servent d'étalons de référence dans les méthodes HPLC et LC-MS.

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