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L'acide (S)-2-((tert-Butoxycarbonyl)amino)-3,3-dicyclopropylpropanoïque (CAS 2548967-22-0) est un dérivé d'acide aminé chiral protégé par N-Boc comportant un échafaudage distinctif d'alanine substitué par 3,3-dicyclopropyle. La structure moléculaire se compose d'un centre stéréogénique central au niveau du carbone α (configuration S), d'un groupe protecteur tert-butoxycarbonyle (Boc) N-terminal et d'un acide carboxylique à l'extrémité C-terminale.

Boc-β-(3-pyridyl)-Ala-OH (Boc-3-(3-pyridyl)-L-alanine) est un acide aminé non naturel protégé par Boc comportant un groupe 3-pyridyle en position β du squelette alanine. La molécule se compose d'un noyau L-alanine avec un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyl (Boc) sur le groupe α-amino, d'un acide carboxylique libre à l'extrémité C et d'un substituant 3-pyridyle remplaçant le groupe méthyle de l'alanine naturelle.

Boc-D-Phe-Pro-Arg-Pro-OH.HCl est un tétrapeptide protégé constitué de quatre résidus d'acides aminés dans la séquence D-Phe-Pro-Arg-Pro, avec un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyle (Boc) à l'extrémité N-terminale et à l'extrémité C sous forme d'acide carboxylique libre, stabilisé sous forme de sel chlorhydrate.

H-D-Lys(Boc)-OtBu.HCl est un dérivé de D-lysine protégé orthogonalement comportant un groupe α-amino libre stabilisé sous forme de chlorhydrate, un groupe protecteur tert-butyloxycarbonyle (Boc) sur la chaîne latérale ε-amino et un ester tert-butylique (OtBu) à l'extrémité C-terminale.

Boc-Lys(Boc)-ONp (Nα,ε-di-Boc-L-lysine 4-nitrophényl ester) est un dérivé de lysine doublement protégé comportant des groupes protecteurs Boc sur les groupes α-amino et ε-amino, avec un ester de 4-nitrophényl (ONp) activant l'extrémité C. 

H-N-Me-Trp(Boc)-OAll Oxalate (tert-butyl (S)-3-(3-(allyloxy)-2-(methylamino)-3-oxopropyl)-1H-indole-1-carboxylate oxalate) est un dérivé de tryptophane N-méthylé spécialisé présentant une protection orthogonale de ses trois groupes fonctionnels. La molécule incorpore un groupe Nα-méthyle (H-N-Me), un azote indole protégé par Boc et un groupe protecteur allylique ester (OAll) à l'extrémité C-terminale.