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Boc-Pro-NH₂ (N-(tert-butoxycarbonyl)-L-prolinamide, CAS 35150-07-3) est un dérivé protégé par Boc de la L-proline comportant un amide primaire en position C2. La molécule est constituée d'un cycle pyrrolidine avec un groupe tert-butyloxycarbonyle (Boc) protégeant l'azote du cycle et d'un groupe carboxamide (-CONH₂) au stéréocentre C2.

Fmoc-Lys(C16-OtBu)-OH (CAS 2952671-06-4) est un dérivé de lysine spécialisé protégé par Fmoc comportant un fragment lipidique C16 à longue chaîne (groupe hexadécanoyl/palmitoyle) attaché au groupe ε-amino de la lysine via une liaison amide, l'acide carboxylique C-terminal étant protégé comme un ester tert-butylique. Cette architecture moléculaire unique combine la fonctionnalité α-amino protégée par Fmoc requise pour la synthèse peptidique en phase solide avec une chaîne alkyle lipophile en C16 qui confère des propriétés amphiphiles aux peptides résultants.

Fmoc-D-Trp-OH (Nα-Fmoc-D-tryptophane, CAS 86123-11-7) est un dérivé protégé par Fmoc de l'énantiomère D du tryptophane, un acide aminé aromatique essentiel. La molécule contient le groupe 9-fluorénylméthoxycarbonyle (Fmoc) protégeant la fonction α-amino, tandis que l'acide carboxylique reste libre pour l'allongement de la chaîne peptidique. La chaîne latérale indole du Fmoc-D-Trp-OH offre à la fois un caractère aromatique et une capacité de liaison hydrogène, faisant de ce composé un élément de base précieux pour l'incorporation de résidus D-tryptophane dans des séquences peptidiques via la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) de Fmoc.

Fmoc-bêta-Ala-OH (Fmoc-β-alanine, acide 3-((((9H-Fluoren-9-yl)méthoxy)carbonyl)amino)propanoïque, CAS 35737-10-1) est un dérivé d'acide β-aminé protégé par Fmoc comportant le groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle) attaché au groupe β-amino. Contrairement aux acides α-aminés standards, Fmoc-bêta-Ala-OH contient le groupe amino en position β (carbone 3) par rapport à l'acide carboxylique, ce qui donne un squelette à trois carbones (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) plutôt que le squelette à deux carbones de l'α-alanine.

Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-trityl-L-glutamine, CAS 132327-80-1) est un dérivé de L-glutamine doublement protégé comportant le groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyl) au niveau du groupe Nα-amino et le groupe protecteur trityl (Trt, triphénylméthyl) au niveau de la chaîne amide côté Nδ. Cette stratégie unique de double protection répond efficacement aux défis inhérents à l’incorporation de glutamine dans la synthèse peptidique.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-méthyl-L-tryptophane, CAS 1808268-53-2) est un dérivé d'acide aminé non protéinogène protégé par Fmoc présentant une substitution 7-méthyle sur le cycle indole du L-tryptophane. La structure moléculaire est constituée du groupe protecteur fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) attaché au groupe α-amino via une liaison carbamate, avec un noyau 7-méthyl-L-tryptophane portant un acide carboxylique à l'extrémité C-terminale.