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Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (ester γ-tert-butylique de l'acide Fmoc-L-glutamique monohydraté, CAS 204251-24-1) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide L-glutamique dans lequel le groupe γ-carboxyle de la chaîne latérale est protégé en tant qu'ester tert-butylique. La molécule contient le groupe Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyl) à l'extrémité N-terminale pour une protection temporaire pendant le SPPS, un acide α-carboxylique libre pour l'allongement de la chaîne peptidique et un ester tert-butylique (OtBu) protégeant le carboxylate de la chaîne latérale.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acétamidométhyl-L-pénicillamine, CAS 201531-76-2) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide aminé non naturel L-pénicillamine (β,β-diméthylcystéine). La molécule comporte un noyau de pénicillamine avec une substitution tert-butyle (gem-diméthyl) au niveau du carbone β, un acide carboxylique libre et un groupe protecteur N-terminal Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle). Le groupe thiol de la pénicillamine est protégé par un groupe acétamidométhyle (Acm), qui sert de fragment protecteur du thiol qui est stable dans les conditions Fmoc SPPS standard et peut être éliminé sélectivement à l'aide d'acétate mercurique ou d'iode pour révéler le thiol libre pour la formation de liaisons disulfure.

Fmoc-ThpGly-OH (acide Fmoc-4-amino-tétrahydropyran-4-carboxylique, CAS 285996-72-7) est un acide aminé non naturel spécialisé protégé par Fmoc comportant un cycle tétrahydropyrane fusionné au centre alpha-carbone. La molécule est constituée d'un cycle tétrahydropyrane (oxane) rigide à six chaînons avec un groupe amino en position 4, qui est protégé par le groupe Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle), et une fonctionnalité acide carboxylique sur le même carbone.

Fmoc-Met(O2)-OH (N-α-Fmoc-L-méthionine sulfone, CAS 163437-14-7) est un dérivé protégé par Fmoc de la L-méthionine dans lequel l'atome de soufre a été entièrement oxydé à l'état d'oxydation de la sulfone (R-SO₂-R). Cette modification structurelle modifie fondamentalement les propriétés électroniques et stériques de la chaîne latérale de la méthionine : le groupe sulfone introduit deux atomes d'oxygène qui augmentent considérablement la polarité du résidu tout en éliminant la fonctionnalité thioéther sensible au rédox présente dans la méthionine native.

Fmoc-Ado-OH (acide Fmoc-8-amino-3,6-dioxaoctanoïque, également connu sous le nom de Fmoc-AEEA ou Fmoc-NH-PEG₂-CH₂COOH) est un dérivé d'acide amino-PEG₂-acétique protégé par Fmoc comportant un espaceur flexible en polyéthylène glycol (PEG) entre l'amine protégée par Fmoc et l'acide carboxylique terminal. La molécule est constituée d'une amine primaire protégée par Fmoc liée à un acide carboxylique via un espaceur d'acide 3,6-dioxaoctanoïque, une chaîne PEG₂ hydrophile qui confère une solubilité dans l'eau et une flexibilité conformationnelle.

Fmoc-5-Hydroxy-Nva(TBDPS)-OH (N-fluorenylmethoxycarbonyl-5-(tert-butyldiphénylsilyl)oxy-L-norvaline) est un dérivé d'acide aminé non protéinogène spécialisé protégé par Fmoc présentant une modification hydroxy au niveau de la chaîne latérale de la norvaline. La molécule incorpore le groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) acide-labile protégeant l'extrémité N-terminale, tandis que le groupe hydroxyle de la chaîne latérale est masqué par le groupe protecteur tert-butyldiphénylsilyle (TBDPS), un éther silylique volumineux et stable aux acides qui fournit une protection orthogonale pendant la synthèse peptidique.