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Fmoc-Asn-OH (CAS 71989-16-7), également connu sous le nom de Nα-Fmoc-L-asparagine, est un élément constitutif fondamental des acides aminés protégés par Nα-Fmoc pour l'introduction de résidus d'asparagine dans la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) à base de Fmoc. La molécule est constituée de l'acide aminé L-asparagine dont la position Nα est protégée par le groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) base-labile, tandis que la chaîne latérale carboxamide reste non protégée.

Fmoc-Arg(Pmc)-OH (CAS 119831-72-0) est un dérivé d'arginine protégé par Nα-Fmoc de première qualité comportant le groupe protecteur Pmc (2,2,5,7,8-pentaméthylchroman-6-sulfonyl) sur la chaîne latérale du guanidinium. La molécule combine le groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) base-labile pour une protection Nα temporaire lors de l'assemblage de la chaîne peptidique avec le groupe Pmc acid-labile qui protège la fonctionnalité guanidinium hautement réactive de l'arginine.

Fmoc-N-Me-Arg(Pbf)-OH (CAS 913733-27-4) est un dérivé d'arginine Nα-méthylé protégé par Nα-Fmoc spécialisé comportant le groupe protecteur Pbf (2,2,4,6,7-pentaméthyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl) acide-labile sur la chaîne latérale du guanidinium. La molécule incorpore trois éléments structurels clés : le groupe base-labile 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) pour une protection Nα temporaire pendant l'assemblage de la chaîne peptidique, la Nα-méthylation qui introduit une contrainte conformationnelle et améliore la stabilité métabolique dans les thérapies peptidiques, et le groupe guanidinium protégé par Pbf sur la chaîne latérale de l'arginine qui empêche les réactions secondaires indésirables pendant le couplage.

Fmoc-Tyr(Me)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-O-méthyl-L-tyrosine, également connu sous le nom de Fmoc-4-méthoxy-L-phénylalanine) est un dérivé de tyrosine protégé par Fmoc comportant un groupe protecteur d'éther méthylique sur la chaîne latérale hydroxyle phénolique. Le phénol de la chaîne latérale de la tyrosine est méthylé pour former un résidu stable de 4-méthoxyphénylalanine – un acide aminé non canonique qui sert de substitut de la tyrosine dans la recherche sur les peptides.

Fmoc-Tyr(tBu)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]-O-tert-butyl-L-tyrosine) est un dérivé de tyrosine protégé par Fmoc comportant un groupe protecteur d'éther tert-butyl (tBu) sur la chaîne latérale hydroxyle phénolique. La chaîne latérale de la tyrosine – un cycle phénol avec un groupe hydroxyle libre – est sensible à des réactions secondaires indésirables lors de la synthèse peptidique, notamment l'acylation, l'oxydation et la formation de sous-produits O-acylés.

Fmoc-His(Boc)-OH (Nα-[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]-Nτ-tert-butoxycarbonyl-L-histidine) est un dérivé d'histidine doublement protégé comportant le groupe Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) base-labile en position α-amino et le groupe Boc (tert-butoxycarbonyl) labile aux acides sur la chaîne latérale imidazole. Nτ azote. Cette stratégie de protection orthogonale – Fmoc amovible dans des conditions basiques douces et Boc clivé dans des conditions acides – permet une déprotection précise et séquentielle pendant la synthèse peptidique en phase solide (SPPS).