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Fmoc-Glu-OAll (ester α-allylique de l'acide N-α-Fmoc-L-glutamique, IUPAC : (4S)-4-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-5-oxo-5-prop-2-enoxypentanoic acid) est un dérivé d'acide glutamique protégé orthogonalement qui porte un groupe Fmoc base-labile à l'extrémité α-amino et un ester allylique. (OAll) protégeant le groupe α-carboxyle, tandis que la chaîne latérale γ-carboxyle reste un acide carboxylique libre.

Fmoc-Asp(OAll)-OH (ester α-allylique de l'acide N-α-Fmoc-L-aspartique, IUPAC : (2S)-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-4-oxo-4-prop-2-enoxybutanoic acid) est un dérivé d'acide aspartique protégé orthogonalement comportant deux stratégies de protection distinctes : un Fmoc base-labile (9-fluorénylméthoxycarbonyle) protégeant l'extrémité α-amino, et un ester allylique (OAll) protégeant le groupe α-carboxyle.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-O-tert-butyl-D-sérine) est un dérivé protégé par N-Fmoc et O-tert-butyle de l'acide aminé non naturel D-sérine. La structure comprend un groupe 9‑fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) attaché au groupe α‑amino, et un groupe tert‑butyl éther (tBu) instable aux acides protégeant l'hydroxyle de la chaîne latérale. Ce schéma de protection orthogonal – Fmoc base-labile sur l’amine, tBu labile aux acides sur la chaîne latérale – est fondamental pour son rôle dans la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) de Fmoc.

Fmoc-Gly-Gly-OH est un dérivé dipeptide comportant un résidu glycine protégé par Fmoc couplé à une seconde glycine via une liaison amide, ce qui donne la formule développée Fmoc-NH-CH₂-CO-NH-CH₂-COOH. La molécule ne contient pas de centres chiraux, car la glycine est achirale. Le squelette dipeptide est très flexible, ce qui fait de Fmoc-Gly-Gly-OH un élément de base idéal pour la construction de lieurs à base de peptides.

Fmoc-Asp(OtBu)-OH est un dérivé de l'acide L-aspartique protégé par Fmoc comportant un groupe protecteur tert-butyle (OtBu) sur le groupe β-carboxyle de la chaîne latérale. Structurellement, la molécule se compose d'un noyau d'acide L-aspartique avec l'amine primaire protégée par un groupe 9-fluorénylméthoxycarbonyle (Fmoc) - le groupe protecteur base-labile standard pour la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) - et l'acide carboxylique à chaîne latérale protégé comme un ester tert-butylique.

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]-D-leucine) est une forme protégée N-Fmoc de D-leucine, l'énantiomère non naturel de l'acide aminé essentiel à chaîne ramifiée L-leucine. La structure moléculaire comporte un groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) attaché au groupe α-amino de la D-leucine, tandis que l'acide carboxylique reste libre pour la formation de liaisons peptidiques.