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Fmoc-D-Tyr(Et)-OH (N‑[(9H‑fluoren‑9‑ylmethoxy)carbonyl]‑O‑éthyl‑D‑tyrosine ; C26H25NO5 ; MW 431,49 g/mol) est un dérivé O‑éthylé protégé par N‑α‑Fmoc de l'acide aminé non naturel D‑tyrosine. L'architecture moléculaire comprend un carbamate de fluorénylméthoxycarbonyle protégeant le groupe α-amino, une extrémité acide carboxylique libre pour la formation de liaisons amide et une chaîne latérale p-éthoxybenzyle où le –OH phénolique de la tyrosine a été alkylé en éther éthylique (–OEt).

Fmoc-Val-OH (N-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-L-valine ; C20H21NO4 ; MW 339,39 g/mol) est un dérivé protégé N‑α‑Fmoc de l'acide aminé à chaîne ramifiée L‑valine. La structure moléculaire comprend un carbamate de fluorénylméthoxycarbonyle attaché au groupe α-amino de la L-valine, avec une extrémité acide carboxylique libre disponible pour la formation de liaisons amide.

Fmoc-Leu-OH (N-[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]-L-leucine ; C21H23NO4 ; MW 353,42 g/mol) est un dérivé protégé par N‑α‑Fmoc (fluorénylméthyloxycarbonyl) de l'acide aminé essentiel à chaîne ramifiée L-leucine. L'architecture moléculaire se compose d'un carbamate de fluorénylméthoxycarbonyle lié au groupe α-amino de la L-leucine, tandis que l'extrémité acide carboxylique reste libre pour la formation ultérieure de liaisons amide.

Fmoc-Glu-OAll (ester α-allylique de l'acide N-α-Fmoc-L-glutamique, IUPAC : (4S)-4-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-5-oxo-5-prop-2-enoxypentanoic acid) est un dérivé d'acide glutamique protégé orthogonalement qui porte un groupe Fmoc base-labile à l'extrémité α-amino et un ester allylique. (OAll) protégeant le groupe α-carboxyle, tandis que la chaîne latérale γ-carboxyle reste un acide carboxylique libre.

Fmoc-Asp(OAll)-OH (ester α-allylique de l'acide N-α-Fmoc-L-aspartique, IUPAC : (2S)-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-4-oxo-4-prop-2-enoxybutanoic acid) est un dérivé d'acide aspartique protégé orthogonalement comportant deux stratégies de protection distinctes : un Fmoc base-labile (9-fluorénylméthoxycarbonyle) protégeant l'extrémité α-amino, et un ester allylique (OAll) protégeant le groupe α-carboxyle.

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-O-tert-butyl-D-sérine) est un dérivé protégé par N-Fmoc et O-tert-butyle de l'acide aminé non naturel D-sérine. La structure comprend un groupe 9‑fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) attaché au groupe α‑amino, et un groupe tert‑butyl éther (tBu) instable aux acides protégeant l'hydroxyle de la chaîne latérale. Ce schéma de protection orthogonal – Fmoc base-labile sur l’amine, tBu labile aux acides sur la chaîne latérale – est fondamental pour son rôle dans la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) de Fmoc.