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Le Fmoc-Dab(Boc)-OH (acide N-[(9H-fluoren-9-ylméthoxy)carbonyl]-N‘-tert-butoxycarbonyl-L-2,4-diaminobutyrique) est un dérivé orthogonalement protégé de l'acide aminé non protéinogène L-2,4-diaminobutyrique (Dab). La structure comprend un groupe 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) base-labile protégeant l'α-amine, et un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc) labile aux acides protégeant la chaîne latérale γ-amine. Ce schéma de protection orthogonal (Fmoc sur l'α-amine et Boc sur la γ-amine) permet une déprotection sélective et séquentielle et une fonctionnalisation de deux positions d'amine distinctes au sein d'un seul élément constitutif d'acide aminé.

Fmoc-Thi-OH est un acide aminé non naturel protégé par Fmoc comportant un hétérocycle thiophène comme chaîne latérale. Structurellement, la molécule comprend un groupe fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) protégeant la fonctionnalité α-amino, un centre chiral central dérivé de l'alanine et un groupe 2-thiényle en position β. Le cycle thiophène sert de bioisostère aromatique contenant du soufre du cycle phénylalanine benzène, offrant des propriétés électroniques similaires mais avec des caractéristiques de polarisabilité et de liaison hydrogène distinctes.

Fmoc-Asn(Trt)-OH est un dérivé de L-asparagine entièrement protégé conçu spécifiquement pour la synthèse peptidique en phase solide. Le groupe α-amino est protégé par le groupe Fmoc pour le contrôle de l'allongement de la chaîne, tandis que la chaîne latérale amide de l'asparagine est protégée par un groupe trityle (triphénylméthyle, Trt). Cette stratégie de protection orthogonale est essentielle pour l'asparagine, car son amide de chaîne latérale non substitué peut subir des réactions secondaires indésirables, notamment une déshydratation en cyanoalanine lors de l'assemblage du peptide.

Fmoc-Tle-OH est un dérivé protégé par N‑Fmoc de la L‑tert‑leucine, un acide aminé non protéinogène caractérisé par une chaîne latérale tert‑butyle volumineuse en position α‑carbone. Le groupe tert-butyle (‑C(CH₃)₃) impose un obstacle stérique important autour du carbone α, créant un centre chiral hautement encombré qui confère une restriction conformationnelle exceptionnelle lors de l'incorporation dans des séquences peptidiques.

Fmoc-Ser(PO(OBzl)OH)-OH est un dérivé de L-sérine protégé par Fmoc comportant une chaîne latérale phosphorylée protégée par un groupe benzyle (OBzl) sur le fragment phosphate. Structurellement, la molécule se compose d'un noyau de L-sérine avec l'amine primaire protégée par un groupe 9-fluorénylméthoxycarbonyle (Fmoc) - le groupe protecteur base-labile standard pour la synthèse peptidique en phase solide (SPPS) - et le groupe hydroxyle de la chaîne latérale de la sérine converti en un ester phosphate et protégé par un groupe benzyle.

Fmoc-Chg-OH est un dérivé protégé par N‑Fmoc de la L‑cyclohexylglycine (L‑Chg‑OH), un acide aminé non naturel caractérisé par une chaîne latérale cyclohexyle volumineuse et hydrophobe en position de carbone α. Contrairement au groupe tert-butyle linéaire de la L-tert-leucine, le cycle cyclohexyle introduit un échafaudage alicyclique rigide et saturé à six chaînons qui impose des contraintes stériques et conformationnelles bien définies lors de l'incorporation dans des séquences peptidiques.