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H-N-Me-Trp(Boc)-OAll Oxalate (tert-butyl (S)-3-(3-(allyloxy)-2-(methylamino)-3-oxopropyl)-1H-indole-1-carboxylate oxalate) est un dérivé de tryptophane N-méthylé spécialisé présentant une protection orthogonale de ses trois groupes fonctionnels. La molécule incorpore un groupe Nα-méthyle (H-N-Me), un azote indole protégé par Boc et un groupe protecteur allylique ester (OAll) à l'extrémité C-terminale.

Boc-Val-OH (N-(tert-Butoxycarbonyl)-L-valine) est un dérivé protégé par Boc de l'acide aminé essentiel à chaîne ramifiée L-valine. La molécule est constituée d'un noyau valine avec son groupe α-amino protégé par un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc), tandis que l'acide carboxylique reste libre pour les réactions de couplage. Cette stratégie de protection rend le groupe amino inerte dans des conditions basiques et nucléophiles tout en permettant une déprotection sélective dans des conditions acides (typiquement TFA).

Boc-Arg-OH·H₂O·HCl (chlorhydrate de Nα-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine monohydraté) est un dérivé d'arginine protégé comportant un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc) protégeant le groupe α-amino, présenté sous forme de sel de chlorhydrate monohydraté. La molécule est constituée d'un squelette L-arginine avec le groupe α-amino masqué par le carbamate de Boc, la chaîne latérale du guanidinium intacte et l'acide carboxylique présenté comme l'acide libre.

Boc-Cys(Acm)-OH (Boc-S-acétamidométhyl-L-cystéine) est un dérivé de cystéine doublement protégé comportant un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc) protégeant le groupe α-amino et un groupe acétamidométhyle (Acm) protégeant la chaîne latérale thiol. La molécule est constituée d'un squelette L-cystéine avec le groupe α-amino masqué par le carbamate de Boc et la fonctionnalité thiol protégée sous forme de S-acétamidométhylthioéther.

La Boc-4-chloroaniline (tert-butyl N-(4-chlorophényl)carbamate) est un dérivé d'aniline protégé comportant un groupe tert-butoxycarbonyle (Boc) attaché à l'azote de la 4-chloroaniline. La molécule est constituée d'un cycle benzénique parachloré relié à un fragment carbamate, où le groupe Boc sert de groupe protecteur robuste pour l'azote aniline.

Boc-Gly-OH (N-tert-Butoxycarbonylglycine) est l'acide aminé protégé par N-Boc le plus simple, doté d'un squelette glycine avec un groupe protecteur Boc (tert-butoxycarbonyl) attaché au groupe α-amino. La molécule est constituée d'un résidu glycine - l'acide aminé le plus petit et le plus flexible sur le plan conformationnel - le groupe Boc assurant une protection temporaire de la fonctionnalité aminé pendant la synthèse peptidique.