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Fmoc-bêta-Ala-OH (Fmoc-β-alanine, acide 3-((((9H-Fluoren-9-yl)méthoxy)carbonyl)amino)propanoïque, CAS 35737-10-1) est un dérivé d'acide β-aminé protégé par Fmoc comportant le groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle) attaché au groupe β-amino. Contrairement aux acides α-aminés standards, Fmoc-bêta-Ala-OH contient le groupe amino en position β (carbone 3) par rapport à l'acide carboxylique, ce qui donne un squelette à trois carbones (H₂N-CH₂-CH₂-COOH) plutôt que le squelette à deux carbones de l'α-alanine.

Fmoc-Gln(Trt)-OH (Nα-Fmoc-Nδ-trityl-L-glutamine, CAS 132327-80-1) est un dérivé de L-glutamine doublement protégé comportant le groupe protecteur Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyl) au niveau du groupe Nα-amino et le groupe protecteur trityl (Trt, triphénylméthyl) au niveau de la chaîne amide côté Nδ. Cette stratégie unique de double protection répond efficacement aux défis inhérents à l’incorporation de glutamine dans la synthèse peptidique.

Fmoc-7-Me-Trp-OH (N-Fmoc-7-méthyl-L-tryptophane, CAS 1808268-53-2) est un dérivé d'acide aminé non protéinogène protégé par Fmoc présentant une substitution 7-méthyle sur le cycle indole du L-tryptophane. La structure moléculaire est constituée du groupe protecteur fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) attaché au groupe α-amino via une liaison carbamate, avec un noyau 7-méthyl-L-tryptophane portant un acide carboxylique à l'extrémité C-terminale.

Fmoc-Glu(OtBu)-OH·H₂O (ester γ-tert-butylique de l'acide Fmoc-L-glutamique monohydraté, CAS 204251-24-1) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide L-glutamique dans lequel le groupe γ-carboxyle de la chaîne latérale est protégé en tant qu'ester tert-butylique. La molécule contient le groupe Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyl) à l'extrémité N-terminale pour une protection temporaire pendant le SPPS, un acide α-carboxylique libre pour l'allongement de la chaîne peptidique et un ester tert-butylique (OtBu) protégeant le carboxylate de la chaîne latérale.

Fmoc-L-Pen(Acm)-OH (Fmoc-S-acétamidométhyl-L-pénicillamine, CAS 201531-76-2) est un dérivé protégé par Fmoc de l'acide aminé non naturel L-pénicillamine (β,β-diméthylcystéine). La molécule comporte un noyau de pénicillamine avec une substitution tert-butyle (gem-diméthyl) au niveau du carbone β, un acide carboxylique libre et un groupe protecteur N-terminal Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle). Le groupe thiol de la pénicillamine est protégé par un groupe acétamidométhyle (Acm), qui sert de fragment protecteur du thiol qui est stable dans les conditions Fmoc SPPS standard et peut être éliminé sélectivement à l'aide d'acétate mercurique ou d'iode pour révéler le thiol libre pour la formation de liaisons disulfure.

Fmoc-ThpGly-OH (acide Fmoc-4-amino-tétrahydropyran-4-carboxylique, CAS 285996-72-7) est un acide aminé non naturel spécialisé protégé par Fmoc comportant un cycle tétrahydropyrane fusionné au centre alpha-carbone. La molécule est constituée d'un cycle tétrahydropyrane (oxane) rigide à six chaînons avec un groupe amino en position 4, qui est protégé par le groupe Fmoc (9-fluorénylméthyloxycarbonyle), et une fonctionnalité acide carboxylique sur le même carbone.